Les premières fouilles archéologiques sur le site de l’Abbaye ont été entreprises dès 1898 par le chanoine Pierre Bourban. C’est lui qui mit à jour le tombeau de saint Maurice et les absides de trois églises à l’est de cet espace appelé le Martolet. Ce que l’on connaissait par la tradition et les manuscrits se révélait confirmé par les vestiges dans les ruines antiques.

La réfection de la Basilique suite à la chute de rocher de 1942 permis à l’archéologue genevois Louis Blondel d’entreprendre une importante campagne de fouilles (1944-1946) qui fut documentée par une importante production bibliographique. Dans les années 1970, M. Stoeckli put faire quelques recherches dans la Maison Panisset et sur la façade nord du monastère.

Après deux ans de travaux par M. Hansjörg Lehner (1994-1996), le chantier archéologique tomba en veilleuse jusqu’à sa reprise de 2001 à 2006 par le bureau TERA, conduit par Mme Alessandra Antonini.

Le site est à ce jour mis en scène par une pointue et fabuleuse muséographie.